Sea como fuere, a raíz de esta honda tradición los Monarcas, de Castilla primero y los de España después, han ostentado el título efectivo de Hermano Mayor de la Corporación, en cuanto descendientes de Fernando III. Así, aún hoy el Rey D. Juan Carlos I, ostenta este título desde el mismo momento en el que jurara las Ordenanzas de esta Hermandad el 21 de abril del año de 1976, en el Palacio Real de Madrid.

Más claro está la fundación de la Hermandad de Nuestra Señora de Villaviciosa, la cual estaría fundada alrededor de 1582, según consta en la obra "Religiosas Estaciones" del Abad Gordillo. La Hermandad de Nuestra Señora de Villaviciosa nada tuvo que ver con la del Santo Entierro de Nuestro Señor Jesucristo hasta que la de Villaviciosa se trasladara al Oratorio de Colón, donde residía entonces la del Santo Entierro. Probablemente el que fraguara la unión de ambas Corporaciones en el siglo XVI fuera el genovés Tomás Pessaro, del que poco sabemos, tan sólo que era de profesión alfarero. Desde ese mismo momento, ambas Corporaciones permanecerían unidas, residiendo en el Colegio de San Laureano situado en los aledaños de la Puerta Real.

En cuanto a la identificación de esta Hermandad con la Celeste Orden de Nuestra Señora de la Merced, sabemos que se produjo también durante el siglo XVI, esta identificación se produjo como consecuencia de la compra de los terrenos del Oratorio de Colón por fray Francisco de Beamonte, miembro de la Orden de la Merced, que adquirió dichos terrenos en el año de 1595, concretamente el 25 de julio. Por concierto mutuo de la Orden y la Hermandad, sellado el año de 1600, la segunda entregaba todos los terrenos a la Orden para que ésta estableciera un colegio, pero con la condición de que en la capilla sólo pudiera residir la Hermandad del Santo Entierro la cual sería Patrona de la misma.

En esta capilla residiría hasta la invasión de las tropas napoleónicas en el siglo XIX, que es cuando se traslada sucesivamente a los templos de San Juan de la Palma, al Convento Casa-Grande de la Merced, a la Magdalena, a la Capilla de Montserrat, al Convento franciscano de San Buenaventura, a los jesuitas de la calle del Gran Poder, y finalmente a su actual Capilla del Santo Sepulcro y Señor San Gregorio Magno, como consecuencia de la concordia de 2 de octubre de 1867, ante la fe de D. José María Verger, en escritura otorgada por el Dr. D. Antonio Navarrete y Sánchez, en su calidad de Vicepresidente de la Real Academia de Medicina de Sevilla, la cual era propietaria de la misma por Real Cédula del Rey Carlos III. A dicha capilla se incorporaron los mercedarios el año 1939, volviendo a identificarse la Hermandad con dicha Orden.

Tras años de fuerte declive en el seno de la Corporación, en 1940 se reorganizó la Hermandad, aprobándoseles nuevas Ordenanzas, por el Vicario Jerónimo Armado Rosado. Ese mismo año efectuó solemne procesión, cuya comitiva fue presidida por el Jefe del Estado español, el general Franco. Se volvió pues a efectuar la Estación de Penitencia, que no se efectuaba desde 1930, año en el que el cortejo estuvo presidido por Su Majestad don Alfonso XIII, siguiendo la costumbre de su predecesores en la Corona: Isabel II y Alfonso XII, éste último en el año de 1877.

Y es que las salidas procesionales de la Hermandad del Santo Entierro nunca fueron seguidas, teniendo éstas un carácter intermitente. Por otro lado, y en especiales ocasiones, se efectuaba el conocido Santo Entierro Grande o Magno, llamado de este modo al participar en dicha procesión una serie de pasos, que dispuestos de modo cronológico manifestaran escenográficamente la Pasión de Nuestro Señor Jesucristo.

La salida penitencial fue anual desde el año 1956, que se suprimió lo que se llamaba el Triduo Sacro (Jueves, Viernes y Sábado Santos), y se eligió el Sábado Santo, en tanto antiguamente la procesión era celebrada el Viernes Santo.